「もともと」と「そもそも」は両方とも「最初から」という意味がありますが、用いられる文脈や使い方に違いがあります。

「もともと」は、ある時点で既に存在している事柄を起点として話が進む場合に使われます。一方、「そもそも」は、話の前提となる事柄に疑問を抱いたり、その前提が本当に正しいのかを確認するために使われます。

例えば、「もともと良かった店が最近は味が落ちた」という場合、「もともと」の前提には「良かった店」という共通認識があるため、あくまで変化点を強調した表現となります。

一方で、「そもそもこの店って美味しいの？」と疑問を抱いた場合は、「そもそも」で始めることで、話の前提となる「この店が美味しい」という共通認識があるのか・本当にそうなのかを問いかけることができます。